Dans son récent rapport consacré à la gestion de Thonon Agglomération, depuis 2017, la Chambre régionale des comptes Auvergne-Rhône-Alpes constate « la faible formalisation du projet communautaire » et les conséquences financières qui en découlent. « Les reversements financiers aux communes de 2017 à 2020 ont atteint 63 M€, avec des attributions de compensation favorables à la ville centre qui bénéficie par ailleurs du versement d’une dotation de solidarité communautaire. Le niveau d’intégration communautaire apparaît encore faible », précise la CRC Aura dont les recommandations portent par ailleurs sur d’autres sujets comme le suivi du patrimoine qui doit être amélioré ou la gestion des astreintes et heures supplémentaires des agents.