L’enquête du Parquet national financier, qui avait été alerté par la Chambre régionale des comptes, débouche sur la signature d’une convention judiciaire d’intérêt public (CJIP) éteignant l’action publique menée contre Bouygues Bâtiment Sud Est et Linkcity Sud Est. Ces filiales du groupe Bouygues, qui ont reconnu les irrégularités constatées sur les chantiers de restructuration du centre hospitalier Annecy Genevois se voient infliger une amende de 7, 964 M€ dont 5,943 M€ correspondant au montant des manquements constatés. Le marché de la construction d’un bâtiment de soins de suite et réadaptation et d’une unité de soins longue durée à Seynod a été alloué en 2016 pour 32 M€ à Bouygues Bâtiment Sud Est pourtant classé dernier pour les prix et délais. La construction d’un bassin de rétention (3, 317 M€) lui a aussi été attribuée, sans mise en concurrence. Enfin, l’offre de linkcity Sud Est qui était pourtant la moins disante parmi les 12 reçues a été retenue pour le rachat du site de l’ancienne résidence la Tonnelle.